При создании подписи убедитесь, что выбран тип кодировки DER и указана опция «Сохранить подпись в отдельном файле».
Т.е. нужно создать отделенную подпись, на портале где возникает ошибка нужно помещать исходный файл (который подписывается) и файл подписи (который создаётся после подписания и сохраняется в то место которое было указанно при подписании).
